A incapacidade de sobreviver fora do ambiente subterrâneo, torna a fauna troglóbia extremamente vulnerável a qualquer alteração do seu meio.
As principais ameaças são:
1. Poluição antropogénica - que se infiltra através de percolação ou que é propositadamente, introduzida no meio cavernícola, como por exemplo: esgotos canalizados para o interior de cursos de água subterrâneos, descargas ilegais, fertilizantes utilizados na agricultura, esgotos industriais e urbanos.
2. Extracção de inertes - conduz à total destruição dos sistemas subterrâneos.
Exemplo de uma, das muitas, pedreiras do Parque Natural da Serra de Aire e Candeeiros (PNSAC)
3. Desflorestação e destruição/alteração do coberto vegetal - provoca alterações no pH do solo e consequentemente no pH da água que se infiltra no meio subterrâneo.
4. Vandalismo - em todas as suas formas.
4. Turismo espeleológico - em todas as suas formas.