São, provavelmente, os habitantes mais conhecidos do meio cavernícola.
Morcego de peluche - Miniopterus schreibersii
Os morcegos são mamíferos da ordem dos Quirópteros. Estes não possuem asas, voam recorrendo a uma membrana interdigital. Têm uma visão reduzida e orientam-se por um processo de ecolocação, emitindo ultra-sons pela laringe que são captados após reflecção e se baseia-se no fenómeno físico do Efeito de Doppler.
Estes mamíferos hibernam no Inverno, sozinhos ou em colónias, conforme a espécie. Nos climas temperados alimentam-se, essencialmente, de insectos.
Colónia de morcego-rato-grande - Myotis myotis Morcego de ferradura-grande Rhinolophus ferrumequinum
Os morcegos são vectores de doenças graves, como a raiva (através da mordedura) e a histoplasmose e criptococose (por via aérea, através de esporos existentes no guano).
Fauna do Guano:
A existência de excrementos de morcegos suporta um tipo comunidade designado, Fauna do Guano que é composta pelos Guanóbios, que se alimentam guano e os Guanófilos que vivem mais afastados e são os predadores do Guanóbios. A fauna do guano não é considerada troglóbia.
Colêmbolo guanóbio