São os organismos vivos mais abundantes no meio cavernícola.
Nas zonas com luz existem cianobactérias, bactérias fotossíntéticas, que em muitos casos, vivem dentro da rocha (endolíticas).
As bactérias heterotróficas ocupam-se da decomposição da matéria orgânica.
As bactérias quimiolitotróficas vivem nas argilas e nos calcários e produzirem matéria orgânica a partir de matéria mineral.
As nanobactérias, de dimensões ínfimas são abundantes em rochas e minerais e muitas delas, são responsáveis for fenómenos de precipitação do carbonato de cálcio, aparecendo associadas a múltiplas formas de concreções subterrâneas.
Colónias de bactérias quimiolitotróficas - 'Cave Slime'